A씨는 2023년 10년간 거주하던 주택을 양도하는 매매계약을 체결해 계약금을 수령하고, 중도금을 수령한 후, ‘매수인의 사정으로 잔금 전에 건물을 멸실할 것’이라는 계약서상의 특약에 따라 주택을 철거·멸실하고, 한달 후에 잔금을 수령했다. A씨는 1세대 1주택 비과세를 적용해 양도소득세 신고를 했는데, 국세청은 ‘양도시기는 잔금청산일이고, 양도일에는 건물이 멸실된 나대지 상태이므로 비과세 규정을 적용할 수 없다’고 했고, A씨는 이에 불복해 심판청구를 제기했다.

조세심판원은 다음과 같은 사실관계와 세법해석을 근거로, 국세청의 주장이 잘못이라고 판단했다.

1) A씨는 주택 취득후 멸실 전까지 거주하다가, 2023년 3월29일 다른 주택에 전입했다. 2) ‘1세대 1주택’에 해당되는 주택과 그 부수토지를 소유하던 자가 매매계약 후 특약 등에 따라 건물을 철거하고 부수토지만을 이전하게 되는 경우, 주택에 대한 매매계약 당시 양도소득세 비과세요건을 갖추고 있는 이상, 비과세되는 소득으로 보는 것이 1세대 1주택 비과세의 취지에 부합한다는 대법원 판례가 있다. 3) 2023년 1월5일자 매매계약서에 의하면, 매매대상물을 ‘주택’으로 하고 있고, 특약사항에 ‘매도인은 매수인의 건축허가에 협조’ ‘매수인의 사정으로 잔금 전에 건물을 멸실’ ‘매수인이 공동주택 신축을 위해 매수하므로 매도인이 계약해지시 계약금 배액 등을 매수인에게 배상’한다는 내용 등이 나타나는 것으로 보아 A씨는 주택 상태에서 매각하되, 단지 매수인의 특수한 사정으로 인해 건물철거에 동의한 것으로 보이므로 주택의 양도를 나대지 상태의 양도로 보는 것은 합리적이지 않아 보인다. 4) 특약사항 중 ‘매수인은 멸실 전 계약금 및 중도금을 지급하고, 멸실 후 잔금을 지급해 소유권이전등기를 완료한다’는 내용은 중도금 지급(총 대금 중 92.7％) 이후 건물멸실이 가능하다는 것이어서 사실상 사용·수익·처분권한이 중도금지급일(2023년 3월31일)에 매수인에게 이전되었다고 볼 수 있다. 5) A씨가 주택 취득부터 건물 멸실 전까지 거주한 점과 매매계약체결일부터 잔금청산일까지의 기간이 약 4개월에 불과하다는 점 등을 감안하면 잔금청산일 약 1달 전에 건물이 멸실되었다 해 주택의 양도로 보지 않는 것은 1세대 1주택자의 양도소득에 대한 비과세 규정의 취지에도 부합하지 아니한다. 참고로, 세법에서는 잔금 청산일을 양도시기로 하되, 잔금을 청산하기 전에 이전 등기를 하거나, 사용하는 경우에는 등기접수일 또는 사용시작일을 양도시기로 규정하고 있다.

배성은 신영회계법인 공인회계사