A씨는 2014년 신축한 건물을 2021년에 양도하면서 취득가액을 환산취득가액으로 해 양도소득세를 신고했다. 국세청은 지방자치단체로부터 회신받은 공사계약서 등을 근거로 실지취득가액을 확인해 양도소득세를 경정·고지했고, A씨는 이에 불복해 심판청구를 제기했다.

A씨는 취득세 신고를 위해 지방자치단체에 제출한 계약서는 공사 진행을 위해 행정상 작성한 개략적인 문서이고, 실제로는 추가 지출이 많았다고 주장했다. 주요 공사는 건설회사에 도급을 주고 감리 등은 별도로 계약하다 보니, 각종 계약 증빙과 영수증을 제대로 수취하지 못했다. 세법에 실지거래가액의 확인을 위해 필요한 장부, 증빙서류 등이 없거나 미비한 경우에는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 적용한다고 규정하고 있다. 따라서, 국세청이 취득세 신고내용을 실지취득가액으로 보아 고지한 것은 부당한 처분이라고 주장했다.

조세심판원은 다음과 같은 사실관계와 세법 등을 확인하고 A씨의 청구를 기각했다.

1)A씨가 취득세 신고를 위해 제출한 계약서의 공사비에는 건축에 필요한 주된 항목이 대부분 포함되어 있다. 행정상 작성한 개략적인 문서라는 주장과는 달리 신축부터 준공할 때까지 공사와 관련된 대부분의 서류를 직접 제출했다. 2)공사비가 수시로 변경되었고, 감리비 등 제반 비용에 대한 영수증을 제대로 수취하지 못했다고 주장하나, 이러한 사항은 취득세 신고를 위해 제출한 서류에 모두 포함되었음을 확인할 수 있다. 3)A씨의 세금계산서 수취내역 및 대금지급 증빙들로 미루어 볼 때, 계약서의 금액을 실지거래금액으로 볼 수 있다. 4)과세소득의 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있지만, 필요경비의 기초가 되는 사실관계가 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청이 입증하기 곤란하고, 납세의무자가 입증하게 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 책임을 납세의무자에게 돌릴 수 있다는 대법원 판례가 있다. 건물 신축과정에서 추가 경비가 발생했다는 것은 A씨의 주장일 뿐 객관적으로 확인할 수 있는 근거는 없으므로, 계약서를 부인하고 환산취득가액을 적용할 수는 없다. 5)취득가액은 실지거래가액을 원칙으로 하되 예외적으로 환산취득가액을 적용할 수 있는 것으로, 스스로 제출한 계약서, 세금계산서 내역 및 대금지급 증빙이 취득세 관련 공문과 그 첨부서류 등으로 대부분 확인되는 것으로 조사된 바, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 단정하기 어렵다. 배성은 신영회계법인 공인회계사