A씨는 2006년 취득한 농지를 2021년 양도하고, 세법상 자경농지의 양도소득세 전액감면을 적용해 양도소득세를 신고했다. 국세청은 현장 확인 후, 이 토지가 농지가 아닌 것으로 판단해 양도소득세를 부과했고, A씨는 이에 불복해 심사청구를 제기했다.

A씨는 토지를 농지로 활용했다는 사실에 대한 증거자료로 농지원부, 농업경영체등록확인서, 기본직접지불금 지급대상자 등록증, 농협 발행 매출상세내역, 거래처별 매출집계표, 마을이장 확인서 등을 국세청에 제출했다.

감사원은 다음과 같은 사실관계와 세법 등을 확인하고 A씨의 청구를 기각했다.

1)A씨는 이 토지 외에 농지 10필지를 소유하고 있는 것으로 농지원부에 기록돼 있다. 2)2016년 항공사진에는 토지에 이랑과 농사한 흔적이 있으나 2018년 4월, 2020년 9월 및 2021년 5월 항공사진에는 주변 토지의 이랑이 확인되는 데 반해 이 토지에는 확인되지 않는다. 3)작물이 한창 성장하는 시기인 2017년 6월, 2019년 6월 및 2020년 8월 네이버 로드뷰에는 이 토지에 작물 재배와 관련된 흔적을 찾아볼 수 없다. 4)국세청은 농지원부 등의 관리를 하는 담당공무원으로부터 현장확인 등을 이장에게 위임하고, 담당 공무원이 직접 확인하는 경우는 드물다는 답변과 직불금지급 관련 이행 점검 시 농지에 구조물 등이 설치된 경우를 제외하고 농지에 잡초가 우거져도 직불이행으로 인정한다는 답변을 들었다.

따라서, A씨가 제출한 자료만으로 이 토지의 실제 경작여부를 확인할 수 없다. 5)마을이장 확인서 내용의 사실관계를 확인하기 위한 통화에서, 이장은 이 토지에 어떤 작물을 심었는지 여부는 알 수 없고 A씨가 이 토지에 농사를 지었는지에 대해 명확히 답변하지 않으므로, 확인서를 신뢰하기 어렵다. 6)A씨가 제출한 비료 등 구매내역서, 농작물 구매자 확인서에서는 해당 농작물이 A씨 소유의 여러 농지 중 어느 토지에서 사용·생산되었는지는 기재되지 않았다. 7)세법에서는 8년 이상 직접 경작한 농지를 양도해 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 감면하도록 돼 있고, 양도소득세 면제대상 농지는 양도일 현재의 농지를 기준으로 하며, 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 양도일 현재 농지라고 돼 있다. 8)농지를 자경한 사실 등 감면요건에 대한 신빙성 있는 자료에 의한 증명책임은 납세의무자에게 있다는 대법원 판례가 있다. 배성은 신영회계법인 공인회계사